В.А. Коптюг, Международная научная премия им. А. П. Карпинского, 1985 г., за научные достижения и укрепление международного сотрудничества ученых.
В.А. Ливанов (в составе авторского коллектива НИБОХ), Государственная премия СССР в области науки и техники, 1985 г. «Создание метода микроколоночной жидкостной хроматографии, разработка и организация производства микроколоночных жидкостных хроматографов «Обь-4» и «Миллихром».
А.Г. Хмельницкий (в составе авторского коллектива НИБОХ), Премия Совета Министров СССР, 1987 г. «Разработка и организация промышленного производства реагентов для синтеза генетических структур».
В.А. Бархаш, В.А. Коптюг, В.Д. Штейнгарц, В.Г. Шубин, Ленинская премия, 1990 г. за цикл исследований «Строение и реакционная способность карбокатионов».
Н.В. Бухаткина, И.Ф. Михайлова, Л.А. Тихонова (в составе авторского коллектива), Государственная премия РФ, 1991 г. «Разработка и внедрение охлаждающих сред на водной основе с полимерными добавками для мало деформационной закалки алюминиевых сплавов».
Л.Б. Володарский, И.А. Григорьев, В.А. Резников, Государственная премия РФ, 1994 г. «Нитроксильные радикалы ряда имидазолина».
С.А. Бакунов, П.А. Петухов, А.М. Чибиряев, Государственная премия РФ для молодых ученых, 1995 г. «Азотсодержащие производные природных терпеноидов: подходы к синтезу и перспективы использования».
Г.А. Толстиков, Научная Демидовская премия, 1995 г.За создание научной школы на Урале в области органического синтеза (Наука в Сибири, 1996, N 12).
А.В. Рукавишников, Государственная премия РФ для молодых ученых, 1996 г. «Высокоэффективные препараты для сельского хозяйства из лесохимического сырья».
Г.А. Толстиков (в составе авторского коллектива), Государственная премия РФ в области науки и техники, 2003 г. за работу «Металлокомплексный катализ в органическом и металлоорганическом синтезе».
Н.Ф. Салахутдинов, К.П. Волчо, И.В. Ильина, О.В. Ардашов (в составе авторского коллектива), Премия имени академика В.А. Коптюга 2019 года. за работу «Новые катализаторы для синтеза хиральных гетероциклических соединений с высоким фармацевтическим потенциалом на основе природных монотерпеноидов».
А. С. Соколова, Премия имени академика В.А. Коптюга (для молодых ученых) 2020 года. за работу «Синтез противовирусных агентов на основе возобновляемого природного сырья с применением методов зелёной химии».